UIView の animationWithDuration、 CALayer の CAAnimation (CABasicAnimation, etc…)を使ってアニメーションさせている View(Layer) 座標の取得方法に関するメモです。
（iOS 5で試しています。）
アニメーション中のViewの座標を、view.center や、layer.position を使って取得しようとすると、アニメーション終了後の座標がとれてしまいます。そういう時は

[layerpresentationLayer];

を使えば、アニメーション中の座標を取得できるようです。
「実験」
簡単な図形を、アニメーションさせておいて、画面をタップするとその時点の図形の中心座標をログに出力するようにしてみます。
SingleViewApplication でプロジェクトを作成
ViewController.m に次の変更を行う。
1. インポートの追加

#import <QuartzCore/QuartzCore.h>

2. viewDidLoad で　左上から、真ん中に移動するような 青い四角 を作成

– (void)viewDidLoad

{

    [superviewDidLoad];

    // アニメーションさせるマーク　10×10で青

    UIView *mark = [[UIView alloc] initWithFrame:CGRectMake(0, 0, 10, 10)];

    mark.backgroundColor = [UIColorblueColor];

    [self.view addSubview:mark];

    // 左上から真ん中に３秒かけて移動

    [UIViewanimateWithDuration:3animations:^{

        mark.center = self.view.center;

    }];

}

3. touchesBegan にて座標をログ出力する

-(void)touchesBegan:(NSSet *)touches withEvent:(UIEvent *)event

{

    // アニメーション中の座標を取得

    // 1. UIView property から

    UIView *mark = [self.view.subviews objectAtIndex:0];

    NSLog(@”¥n¥n UIView ———- x:%f, y:%f”, mark.center.x, mark.center.y);

    // 2. CALayer property から

    NSLog(@”¥n CALayer ——— x:%f, y:%f”, mark.layer.position.x, mark.layer.position.y);

    // 3. presentationLayer から

    CALayer *mLayer = [mark.layer presentationLayer];

    NSLog(@”¥n presentationLayer x:%f, y:%f”, mLayer.position.x, mLayer.position.y);

}

「結果」

こんなかんじで、presentationLayer を使えば、動いているViewの座標が取得できました。

 UIView ———- x:160.000000, y:250.000000

 CALayer ——— x:160.000000, y:250.000000

 presentationLayer x:31.265623, y:46.516628

 UIView ———- x:160.000000, y:250.000000

 CALayer ——— x:160.000000, y:250.000000

 presentationLayer x:61.037354, y:93.575172

 UIView ———- x:160.000000, y:250.000000

 CALayer ——— x:160.000000, y:250.000000

 presentationLayer x:100.058083, y:155.253098

 UIView ———- x:160.000000, y:250.000000

 CALayer ——— x:160.000000, y:250.000000

 presentationLayer x:159.100174, y:248.577682